Anderson a fost „tras pe tusa“ in 2008, din cauza unei afectiuni respiratorii severe, care i-a impus retragerea din activitatea muzicala.
In tot acest timp, colegii de la Yes si-au continuat activitatea cu o „clona“ canadiana, Benoit David, si cu Jon Davison, insa discurile aparute in aceasta perioada nu au fost chiar bine primite. Totodata, in 2015, cei de la Yes primeau o lovitura fatala: moartea liderului trupei, basistul Chris Squire, rapus de leucemie.
Si in vreme ce Yes continua sa dea concerte intr-o alta formula, Jon Anderson s-a aliat cu chitaristul Roine Stolt (de la Transatlantic si Flower Kings), urmand sa scoata pe piata, pe 8 iulie, primul rod al colaborarii lor, albumul Invention of Knowledge.
„A fost o experienta frumoasa“, a explicat Anderson. „Scrisesem aceste cantece in urma cu mai multi ani si i le-am trimis lui Roine. El a realizat niste versiuni incredibile pentru fiecare cantec. Este un maestru al productiei muzicale si un mare chitarist.“
In acelasi timp, Jon Anderson a pus la cale si un turneu cu fostii colegi din Yes, Rick Wakeman si chitaristul Trevor Rabin, reuniti sub numele de ARW. Cu titlul general al turneului „An Evening of Yes Music & More“, ARW propune publicului un set de piese clasice specifice formatiei Yes, cateva piese mai rare, dar si muzica noua, compusa de Anderson-Wakeman-Rabin.
„Yes canta chestiile lor, noi pe ale noastre“, a sustinut Anderson. „Trebuie sa cantam melodii pe care publicul si le aminteste si pe care vrea sa le asculte, dar, in acelasi timp, vor fi si interpretari noi si muzica noua.“
Cat despre o posibila reuniune cu Yes, Anderson sutine ca „n-am parasit niciodata Yes. Eu m-am imbolnavit si ei au trebuit sa continue fara mine. Dar de atunci scriu si inregistrez propria mea muzica. Cred ca, in prezent, am 12 proiecte diferite, deci e bine“.